Fue fundado por los españoles cooperados por indígenas Chiquitanos el 4 de Noviembre de 1791 durante la época del coloniaje, fecha en que cada año se festeja la Fiesta de Fundación y la Fiesta Patronal del pueblo, donde acuden muchos turistas para disfrutar del folklore regional y participar de los juegos populares.
Hasta 1950 el territorio que hoy es el Municipio de San Carlos era una región despoblada conocida como las Tierras Fiscales de Ichilo. Durante los últimos 30 años se constituyó en una región pujante a partir del impulso proporcionado por el Gobierno Central con la política central Social de Colonización del Oriente, a partir del año 1953 se produjeron constantes flujos migratorios de pobladores tanto del mismo departamento como de la parte del occidente del País, los cuales han ocupado las extensas áreas que ha venido a denominarse Zonas de Colonización
